股东是自然人或公司，其税负截然不同。企业集团内各成员企业的盈利能力和营运能力是有差别的。增值税是价外税，筹划的核心是降低现金流负担，企业所得税的税务筹划核心是利润，将利润高的项目转移到税负低的地方，而将成本转移到收入高的地方。
1.公司组织结构的影响巨大
1.1 自然人张三作为大股东，与若干自然人投资了若干家公司，各公司有二级公司若干。这种组织结构带来了一系列的问题，具体如下：
1.1.1 公司给自然人股东分红，根据《个人所得税法》的规定，要按照“利息、股息、红利所得”缴纳20%的个人所得税。公司还有其他股东若干，每年都要求分红，所以张三要交巨额的个人所得税。
1.1.2 各公司在经营决策中需要考虑其他股东的想法。根据《公司法》的规定，重大决策需要2/3以上同意。此外，投资款的筹措也是个问题，需要先分红再投资，投资时不便捷，资金闲置也较多。
因此，建议张三可以考虑设立一家控股公司Z公司，新的投资都由Z公司来完成。根据《企业所得税法》的规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益免企业所得税。这种架构设计，就避免缴纳巨额的所得税。
1.2延续上面的案例，张三欲将各公司整合为平台公司，在境内A股市场上市。会发现不同的组织机构会产生不同的税负，现在有A、B、C方案可供选择。
1.2.1 A方案是先成立一家上市平台公司X公司，自然人张三将其持有的各公司股权投资到X公司。
根据《个人所得税法》的规定，股权转让需要就转让价减去初始投资额，适用20%的个人所得税税率，因此税负极重。
1.2.2 B方案是由张三成立一家新公司Y公司，由Y公司对甲乙丙公司增资，这样Y公司就成了控股公司。这样做的好处是税负很低，但Y公司是家新公司，不符合上市的条件。
1.2.4 C方案是由甲公司吸收合并乙公司、丙公司。
根据《国家税务总局关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）的规定，通过合并方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。
根据税法规定，可以适用合并的特殊性税务处理，这样就可以降低大量税负。
2.总分公司结构的税收特点
公司发展到一定阶段后，扩张时会面临一个问题，是成立分公司还是子公司，这是很重要的组织结构问题。子公司和分公司，虽只有一字之差，但他们的税负截然不同。子公司是独立的纳税人，独立交税；而分公司是否独立纳税，要看税种。
2.1 企业所得税方面
分公司是分支机构，不是独立法人，因此需要与总公司合并缴纳企业所得税。
对于开拓阶段的公司而言，扩张往往带来亏损。可利用总分公司合并纳税的规则降低税负。但在实务中，有些分公司被作为独立纳税人，征收了企业所得税。这是因为根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（2012年第57号公告）第二十四条的规定，“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税”
所以，总分公司想合并纳税，要办相关的税务手续。
2.2 增值税方面
要区分总分公司在不在同一县市，在同一县市，合并纳税。如不在同一县市，根据《增值税暂行条例实施细则》（财政部、税务总局令2008年第50号）第四条的规定，设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构（非同一县市）用于销售，要视同销售货物、计算缴纳增值税。
3.母子公司和总分公司的筹划
3.1 设计组织架构要筹划
甲公司是一家天津公司，在其他省设立了若干分公司：A分公司、B分公司、C分公司、D分公司，总公司发货给各分公司，由分公司负责开拓当地的客户、后续维护。因为发票是直接开给客户，货款由客户直接打给总公司、货物由总公司直接发货给分公司的仓库，由分公司负责安装，且安装是销售的必要组成部分。
甲公司的财务总监认为，分公司不应该核算收入，也不应该交税，所以分公司每月零申报。
根据《增值税暂行条例实施细则》（财政部 税务总局令2008年第50号）第四条的规定，甲公司向各省分公司转移货物属于增值税视同销售，要计算缴纳增值税。甲公司目前的增值税处理，存在税务风险。
根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（2012年第57号公告）第二十四条的规定，“以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税”
甲公司及其分公司属于企业所得税汇总纳税企业，应该办理汇总纳税的相关手续。缺少相关手续，将面临税务风险。
建议办理企业所得税汇总纳税的相关的手续。增值税处理方面，可以把业务设计成委托代销模式，总公司委托分公司代销，这种模式下的纳税义务发生时间是三者较早日：1.收到代销清单或者收到全部或者部分货款的当天；2.未收到代销清单及货款的，为发出代销货物满180天的当天；3.先开具发票的为开具发票的当天。
3.2 分公司筹划的核心是汇总纳税
乙公司是总公司，在各省设立若干分公司。202X年，乙公司盈利1000万元，分公司亏损400万元。汇总缴纳企业所得税=（1000-400）*25%=150万元。如采用母子公司模式，需要缴纳企业所得税=1000*25%=250万元。
相比而言，总分公司可节税额=250-150=100万元。
总分公司汇总纳税的规则，可结合研发费加计扣除来、高新认定、职工社保等一并筹划。
